微生物除臭剂采用的是利用复合的有效微生物的群体之间的互惠同生或互利共栖的原理，创造有利于有益微生物群生存的环境，发挥有益菌群的作用，阻止环境中有害物质转化的方向。这些有益微生物以氨氮、硫化氢、硫醇等恶臭物质为食，将其转化为无臭物质并迅速降低臭味，阻止腐坏菌的生长与繁殖。作用完成后分解成水和二氧化碳，不对环境造成二次污染。